告訴若しくは告発をした者又は被害者等が申立てをすることにより審査が開始されます（検察審査会法2条2項）。検察審査会が不起訴処分の当否の審査を行います（2条1項1号）。審査の結果、検察審査員の過半数の議決（27条）により、以下の3種類のいずれかの議決を行います（39条の5第1項）。
(1)起訴相当の議決があった場合、検察官は速やかに議決を参考にして起訴又は不起訴処分のいずれかをしなければならない義務が発生します（41条2項）。検察官が再度不起訴処分をした場合、検察審査会はこの不起訴処分の当否を審査しなければなりません（41条の2第1項）。また、一定の期間に検察官が起訴又は不起訴処分をしない場合、検察審査会は、不起訴処分があったものとみなして再度はじめの不起訴処分の当否を審査しなければなりません（41条の2第2項）。
この２度目の審査で検察審査会が、検察審査員の8人以上の多数により起訴を相当と認めるときは、起訴議決をします（41条の6第1項）。この場合裁判所は、起訴及びその維持に当たる者を弁護士の中から指定し、検察官ではなく弁護士に公訴提起および公判の維持をさせ、弁護士が検察官の職務を行うことになります（41条の9第1項、3項）。そして、指定弁護士は速やかに公訴を提起する義務が発生します（41条の10第1項）。これにより裁判が開始されることとなります。
